Kipu peräaukon ympärillä voi johtua verenpurkauksesta peräpukamassa. Tällöin peräaukon seudussa tuntuu aristava patti. Kipu aiheutuu painevaikutuksesta kudoksessa. Jos kipu on voimakasta, kannattaa hankkiutua lääkärin hoitoon, joka poistaa hyytymän pukamasta paikallispuudutuksessa.

Jos peräaukon seudussa on laajemmalla alueella kipua ja pullotusta, voi kyseessä olla peräaukon paise. Peräaukon paise ja fisteli johtuvat anaalirauhasten tulehtumisesta. Kun rauhanen tulehtuu, tulehdus voi levitä sulkijalihaksen läpi ihon alle aiheuttaen paiseen. Noin 30%:lla paiseen avauksen jälkeen voi kehittyä ns. fisteli, joka on putkimainen käytävä iholta peräaukon kanavaan. Fistelin hoito riippuu siitä, kuinka korkealla peräaukon kanavassa fistelin sisäaukko sijaitsee. Osa fisteleistä voidaan hoitaa yksinkertaisella toimenpiteellä, mutta joskus tarvitaan erikoistekniikoita. Hankalissa fisteleissä uusiutuminen on tavallista ja voidaan tarvita useita leikkauksia ennen kuin fisteli saadaan parannettua.